Supernova: Protokol „Charon“ je vertikální střílečka s bitvami proti vlajkovým lodím
Loď střílí sama, takže téměř vždy uhnete nepřátelským kulkám. Trasa vede z oběžné dráhy Země do trhliny v prázdnotě a prochází 11 sektory. Každý sektor má své vlastní nebe, své vlastní překážky a své vlastní vlny nepřátel. Pokud po Star Wing chcete střílečku s kampaní a hangárem mezi lety, tady najdete obojí.
Vlajková loď na konci sektoru
Každý sektor končí bitvou s vlajkovou lodí a tato bitva má několik fází. Věžičky vlajkových lodí lze sestřelit jednu po druhé a s každým sestřelením věže se palba snižuje. Jednu chybu v této bitvě hra odpustí, druhou ne.
Devět sudů a hangár
Ve hře je devět typů zbraní: Pulzní, Spread, Laser, Missiles, Plasma, Arc, Wave, Bumerang a Railgun. Každý z nich je posílen přímo v bitvě. Za bitvy dostáváte kredity a mezi lety je trávíte v hangáru. K dispozici je 6 trupů, drony, pumovnice, eskortní let a 6 skinů. Za dovednost v boji hra uděluje medaile a rozkazy, celkem 20.
Hustou palbu nepřátel známe z Neon Space Shooter, ale tady jsou proti ní dva nástroje. Focus sníží rychlost na polovinu a zobrazí oblast, kam kulky zasáhly. Bomba vyčistí obrazovku od nepřátelských projektilů. Kampaň lze dokončit na jedné ze tří úrovní obtížnosti nebo se dvěma hráči na stejné klávesnici.